Die chirurgische Behandlung kann unter Umständen bereits während der diagnostischen Abklärung erfolgen. Anlässlich einer Bauchspiegelung (Laparoskopie) werden erkennbare Endometrioseherde nach Möglichkeit gründlich und vollständig entfernt. Das gesunde Gewebe und die umliegenden, nicht betroffenen Organe werden dabei geschont. Die Bauchspiegelung ist eine präzise und anspruchsvolle mikrochirurgische Operationsmethode, bei welcher oft spezielle Techniken wie zum Beispiel der Laser zur Anwendung kommen. Sie erfordert eine besondere Fertigkeit und Ausbildung der Gynäkologin bzw. des Gynäkologen.

In seltenen Fällen, bei schweren Beschwerden, abgeschlossener Familienplanung und nach Ausschöpfung aller anderen Möglichkeiten, muss die chirurgische Entfernung der Gebärmutter, der Eileiter und Eierstöcke in Erwägung gezogen werden.