Manchmal führt die Kinderwunschbehandlung bei Endometriose nur über eine Befruchtung ausserhalb des Körpers zum Erfolg (so genannte In-Vitro-Fertilisation, IVF). Dabei werden nach medikamentöser Stimulation von Eibläschen mehrere Eizellen mit einer Nadel aus den Eierstöcken entnommen, ausserhalb des Körpers befruchtet und etwas später wieder in die Gebärmutterhöhle eingepflanzt. Bei der intracytoplasmatischen Spermieninjektion, kurz ICSI, wird ein einziges Spermium unter dem Mikroskop direkt in die Eizelle hinein gespritzt (siehe Bild rechts).

Die Endometriose wird dabei jedoch nicht behandelt. Die Hormonumstellung während der Schwangerschaft und Stillzeit kann jedoch eine heilende und lang anhaltende dämpfende Wirkung auf die Endometriose ausüben.