Dato che i focolai endometriosici vengono attivati dagli ormoni sessuali femminili (estrogeni e progestinici), i trattamenti farmacologici sono indirizzati alla regolazione o soppressione dell’effetto di questi ormoni. Ciò viene ottenuto, ad es., con l’assunzione di ormoni del corpo luteo (progestinici) o di una pillola anticoncezionale.

Nel caso sia necessaria una completa soppressione della funzione ovarica, la formazione di estrogeni viene impedita mediante un trattamento con i cosiddetti agonisti del GnRH. In tal modo vengono prosciugati i focolai endometriosici. E’ così possibile attenuare i dolori ed ostacolare la nuova formazione di focolai endometriosici.

La soppressione farmacologica della formazione di ormoni provoca una menopausa temporanea, con i relativi fenomeni che lo accompagnano. L’entità delle vampate, della riduzione della massa ossea, dei cambiamenti d’umore, ecc., è tuttavia molto variabile. I sintomi concomitanti possono essere alleviati mediante la somministrazione d`ormoni a basso dosaggio.