Dans certains cas, seule la fécondation en dehors du corps de la femme (fécondation in vitro, FIV) permet de traiter efficacement la stérilité due à l’endométriose. Après une stimulation médicamenteuse des follicules ovariens, on prélève plusieurs ovules dans les ovaires à l’aide d’une aiguille, on les féconde en dehors du corps de la femme et on les réimplante un peu plus tard dans la cavité utérine. Lors d’une injection intracytoplasmique de spermatozoïde (ICSI), on injecte un seul spermatozoïde directement dans l’ovule, sous microscope (voir figure à droite).

Cependant, cette méthode ne traite pas l’endométriose. Toutefois, les modifications hormonales survenant pendant la grossesse et l’allaitement peuvent avoir un effet favorable et atténuer durablement l’endométriose.