Les divers traitements ont pour but de rétablir ou d’améliorer le bien-être et la qualité de vie de la patiente, sur le plan physique et psychique. Toute forme de traitement doit être indiquée, réfléchie et soigneusement définie. Ainsi par exemple une suspicion de récidive de kyste d’endométriose dans un ovaire ou même dans les deux ovaires ne constitue pas obligatoirement une indication chirurgicale. Un traitement ne s’impose que si ces kystes occasionnent des troubles ou si la patiente souhaite actuellement un enfant.

Dans la mesure où la menstruation rétrograde joue un rôle important dans la survenue et la persistance de l’endométriose, la suppression médicamenteuse des règles, par exemple par une prise continue de la pilule, peut souvent améliorer très efficacement le bien-être.