Au début de la maladie, les douleurs surviennent essentiellement pendant les règles ou seulement dans des situations particulières, par exemple après un rapport sexuel, lors des mictions ou des défécations.

L’endométriose provoque presque toujours des troubles initialement assez légers puis de plus en plus intenses et parfois même intolérables (douleurs pelviennes chroniques, uniquement cycliques ou permanentes).

Etant donné que les symptômes varient suivant le type d’atteinte et suivant le retentissement sur les divers organes et que les complications telles que adhérences et cicatrices provoquent des douleurs indépendantes du cycle, le tableau clinique de l’endométriose est très polymorphe. Il n’existe pas toujours de corrélation entre le degré de sévérité de la maladie et l’intensité des symptômes.

Beaucoup des femmes atteintes présentent non seulement des douleurs à l’endroit des foyers actifs d’endométriose, mais aussi des symptômes non spécifiques qui peuvent gravement perturber leur état général. Ces symptômes consistent par exemple en une sensation de malaise général, des douleurs abdominales diffuses, une sensation de pesanteur abdominale, un manque d’élan vital, une fatigue chronique et des fluctuations de l’humeur.