El tratamiento de la infertilidad involuntaria debe correr a cargo de especialistas. Para eliminar los focos de endometriosis a la vez que se preservan y restablecen los órganos afectados, deben utilizarse técnicas quirúrgicas especiales, no traumáticas.

Las intervenciones realizadas con precisión para reparar las trompas y los ovarios tratan la endometriosis y muchas veces permiten lograr un embarazo espontáneo. Actualmente, este tipo de intervención utiliza mayormente la técnica microlaparoscópica.

Los tratamientos farmacológicos constituyen un complemento valioso. Se utilizan sobre todo para aliviar rápidamente el dolor y evitar una reacción inflamatoria antes y después de una intervención. Tomar un inhibidor de la ovulación (píldora anticonceptiva) justo en el momento de un embarazo deseado puede prevenir o al menos retrasar la reaparición de focos de endometriosis después de una intervención.