Puesto que los focos de endometriosis son estimulados por las hormonas femeninas (estrógenos y progestágenos), los tratamientos farmacológicos pretenden regular o inhibir el efecto hormonal. Este resultado se puede conseguir, por ejemplo, tomando progestágenos o una pastilla anticonceptiva.

Si es necesario un bloqueo completo de la función ovárica, se inhibe la síntesis de estrógenos con la administración de «análogos de la LH-RH». Este tratamiento seca los focos de endometriosis. Así, se puede aliviar el dolor y evitar la formación de nuevos focos de endometriosis.

El uso de medicamentos para inhibir la formación de hormonas produce temporalmente un estado comparable a la menopausia, con las molestias típicas de ese estado. Sin embargo, la intensidad de los sofocos, la pérdida de masa ósea, los cambios de humor, etc., es muy variable. Si se necesita un tratamiento prolongado, se pueden aliviar los síntomas asociados recetando un tratamiento hormonal especial con dosis bajas de estrógenos.